Les environnements de montagne sont de longue date la cible de politiques de recherches dites partenariales, qui privilégient des approches en co-construction de problématiques de recherche entre acteurs du développement, professionnels et scientifiques. Les recherches portant sur les filières laitières françaises des Alpes et du Jura sont exemplaires de cette situation. De grands récits retracent le succès de recherches collaboratives depuis leur stade initial informel des années 1960, leur institutionnalisation au milieu des années 1980 jusqu’à aujourd’hui, où coexistent plusieurs dispositifs formels (Mustar 1998; Roybin et al. 2001; Galant et al. 2006; Mollard et al. 2007). En prenant spécifiquement l’exemple de la microbiologie laitière, je présenterai brièvement certains de ces dispositifs de recherches collaboratives. Je défendrai l’idée que le « tournant collaboratif » a eu lieu dans les années 1980 et montrerai qu’il est indissociable des projets de développement territorial portés par l’Etat et les régions à travers un certain nombre d’outils. Je développerai également l’idée que ces recherches participatives restent toutefois minoritaires dans l’ensemble de la microbiologie laitière. Par ailleurs elles ne s’affranchissent pas de conflits autour des différents modes de gestion du vivant qui peuvent être défendus par les différents acteurs. Je m’appuierai pour ce travail sur une analyse de la littérature réflexive publiée par ces différents projets de recherche ainsi que sur un ensemble d’enquêtes qui ont eu lieu entre 2016 et 2018 dans les Alpes du Nord.