Dans les années 2000, des agriculteurs désireux de cultiver des blés correspondant à leurs besoins et soucieux d’affirmer leur autonomie vis-à-vis de l’industrie semencière, ont entrepris de relancer la sélection paysanne à la ferme. Des collaborations ont été tissées avec des généticiens de l’Inra, et se sont progressivement développées dans le cadre de projets financés. Or les financements de recherche impliquent une formalisation des partenariats, des engagements en termes de résultats académiques et une augmentation significative de la taille des projets. Dans ce nouveau contexte, comment préserver les valeurs d’émancipation paysanne et de justice cognitive sur lesquelles la collaboration paysans-chercheurs s’est originellement construite ? Cet article aborde la façon dont ce défi se pose concrètement aux acteurs de ces projets, et les précautions qu’ils mettent en œuvre pour y faire face.